Le prime opere di quello che viene considerato il massimo pittore piemontese del Cinquecento, e cioè due coppie d'angeli nella cappella del Sacro Sepolcro al Sacro Monte di Varallo (1495 circa), la Crocifissione (Museo di Varallo) e i frammenti di un affresco al convento delle Grazie (1505 circa - Museo di Varallo) indicano già una forte vena narrativa.

Fondamentale per l'artista è il viaggio compiuto - dopo il 1505 - nell'Italia centrale. Durante questo viaggio Gaudenzio Ferrari assimila influenze del Perugino, di Leonardo, di Bramante e del Bramantino. Influenze che trovano compiuta sintesi nel Compianto (Vercelli, Museo Borgogna) e negli affreschi della cappella di Santa Margherita alle Grazie di Varallo.

Influssi della scuola del Danubio sono forse reperibili nell'ancona per la confraternita di Sant'Anna a Vercelli del 1507-08 (di cui resta Sant'Anna con la Vergine e il Bambino e due angeli - Torino, Galleria Sabauda), nell'Annunciazione (Londra, National Gallery) e nelle Storie di Cristo (1513 - Varallo, convento alle Grazie).

Risonanze del gusto nordico si ritrovano anche nel polittico per San Gaudenzio a Novara (1514-15).

Con le opere di architettura, pittura e scultura (Storie della Redenzione) per il Sacro Monte di Varallo, per il quale, fin dal 1505 ca., realizza gruppi in terracotta (il più bello è forse il Cristo incedente al pretorio, cappella XXXII), Ferrari precorre il Seicento piemontese e lombardo.

Tra il 1517 e il 1524 porta a termine le cappelle della Natività, dell'Adorazione dei pastori e della Crocifissione; il messaggio religioso è talmente efficace che nella seconda metà del secolo, nell'area lombarda, si moltiplicarono i sacri monti.

La stessa immediatezza narrativa è riscontrabile nella Nascita della Vergine, una delle scene ad affresco eseguite dall'artista in San Cristoforo a Vercelli (1533-34); scenograficamente impressionante è inoltre la decorazione della Cupola di Santa Maria dei Miracoli a Saronno (1535), caratterizzata da grande sapienza compositiva e cromatica.